I programmet för meteorologi och havsforskning utförs tillämpande och grundforskning inom meteorologi, atmosfäriska vetenskaper och fysikalisk oceanografi. Till forskningsområdena hör bland annat prognosmodeller på olika tidsskalor, vetenskapliga tillämpningar och fjärranalys samt klimatförändringens effekter och anpassningen till dessa.

I programmet för klimatforskning utförs tillämpande- och grundforskning med koppling till klimatsystemets olika delar. Man forskar speciellt det gånga, nuvarande och framtida klimatet samt atmosfärens sammansättning och dess effekter på klimatförändringen och luftkvaliteten. En del av programmets anställda arbetar vid enheten i Kuopio.

Centret för rymd och fjärranalys ansvarar för forskningen av polarområden och närrymden samt för utvecklingen av teknologier relaterade till verksamheten. Forskningsobjekten är speciellt arktisk forskning samt fjärranalys, nya observationsmetoder och rymden. Till Centret för rymd- och fjärranalys hör Arktiska rymdcentret och enheten i Sodankylä.